Географическое положение города, его близость к одному из крупных торговых путей, положительно сказывалось на развитии города. Но это же играло и отрицательную роль, особенно в эпохи войн и смут, когда город был разорён ханом Батыем и Деденем. За право владения городом боролись Владимиро-Суздальское, Новгородское, Тверское и Московские княжества. Лишь в начале XIV века московским князьям удалось подчинить себе половину города. В 1370 году, в ходе трехдневной безуспешной осады литовскими войсками Волоколамск был подожжен. Спустя одиннадцать лет, при нашествии хана Тохтамыша, под Волоколамском состоялась битва, в ходе которой великий князь Василий Дмитриевич разбил татарское войско.

При Василии Темном Волоколамск окончательно перешел в Московское княжество. В самостоятельном (удельном) владении Волоколамск был с 1462 по 1513 годы. В этот период Волоколамск бурно развивается. В городе идет активное строительство. При этом постройки в основном каменные. Князь Борис Васильевич выстроил в Волоколамском кремле дворец и служебные постройки. В 1480 году привезенные из Москвы мастера построили в кремле двухэтажный Воскресенский собор из белого камня. Летописцы того времени пишут, что «Оный город (крепость) имел двое деревянных ворот и девять башен с старинным артиллерийским орудием».

Кремль, каменные постройки были прежде всего данью необходимостью постоянно оборонять спорный пограничный город. Делу защиты города служили и пять его монастырей: Власьевский, Варваринский, Возмицкий, Крестовоздвиженский, Ильинский. Со временем вокруг каждого монастыря появлялась своя слобода. Позже все слободы слились с городом. Помимо монастырских слобод в городе были кожевенная, пушкарская, кузнечная и другие слободы. Почти каждая слобода имела свою церковь и в XVI веке в городе было 25 церквей.

После смерти князя Федора Борисовича в 1513 году город переходит к Москве, во владение великого князя Василия III. Волоколамск стал опорным пунктом князя Василия при обороне Москвы от нашествий крымского хана Магмет-Гирея. Здесь же, в Волоколамске, в 1533 году, князя Василия настигла смертельная болезнь.